Python批量转换NIf nii文件为PNG图像的方法
本文介绍使用Python将文件夹内的多个NIf nii格式文件批量转换为PNG图像的技术方案。通过遍历目录、读取NIf数据并逐层切片保存,实现图像文件夹与源文件同名对应。代码经ADNI数据验证有效,适用于医学影像预处理场景。
Python批量NIf nii转PNG教程
此前曾介绍过单个nii文件转换为png图像的方法。
https://www.jb51.net/article/165693.htm
本文重点讲解如何将保存在同一文件夹下的多个nii文件批量转换为png图像,并确保生成的图像文件夹名称与对应的nii文件名保持一致。
import numpy as np
import os #遍历文件夹
import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包
import imageio #转换成图像
def nii_to_image(niifile):
filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹
slice_trans = []
for f in filenames:
#开始读取nii文件
img_path = os.path.join(filepath, f)
img = nib.load(img_path) #读取nii
img_fdata = img.get_fdata()
fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后缀名
img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
#创建nii对应的图像的文件夹
if not os.path.exists(img_f_path):
os.mkdir(img_f_path) #新建文件夹
#开始转换为图像
(x,y,z) = img.shape
for i in range(z): #z是图像的序列
silce = img_fdata[i, :, :] #选择哪个方向的切片都可以
imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)
#保存图像
if __name__ == '__main__':
filepath = 'nii的文件夹'
imgfile = 'image的文件夹'
nii_to_image(filepath)
该代码由作者自行编写,经测试在ADNI数据的nii格式处理中完全有效。
以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助,也希望大家多多支持本站。
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