Python读取DICOM图像：SimpleITK与pydicom实战示例
发布时间：2026-10-14 |
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本文介绍Python中读取DICOM图像的两种常用方法。首先演示使用SimpleITK库批量读取DICOM序列并转换为数组，适用于三维医学影像处理；其次展示利用pydicom库读取单张DICOM文件并显示图像，包含像素数据修改与保存的完整代码示例。
使用SimpleITK读取DICOM序列
首先介绍如何使用SimpleITK库读取DICOM序列。该方法适用于处理包含多个切片的多帧医学影像数据。
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x使用dicom库读取并显示单张图像
接下来演示如何使用dicom库读取单张DICOM图像并进行显示。此方法适合处理单个DICOM文件，并展示了如何获取像素矩阵及可视化图像。
import dicom
import pylab
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")
pixel_bytes = ds.PixelData
##CT值组成了一个矩阵
pix = ds.pixel_array
##读取显示图片
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
pylab.show()
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：
##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300
if val < 300:
ds.pixel_array.flat[n]=0
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()
ds.save_as("newfilename.dcm")
其他读取方式：pydicom
此外，还可以使用pydicom库来读取DICOM图像，这为处理DICOM文件提供了另一种选择。
以上介绍了Python读取DICOM图像的几种实现方式，包括SimpleITK和dicom包的具体应用。这些示例旨在帮助开发者快速上手DICOM数据的处理，供参考使用。
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